L’acropoli di Selinunte, posta a pochi metri dal mare, era attorniata da robuste mura ancora in parte visibile. Il complesso della porta nord, costituito da torrioni, cunicoli sotterranei e catapulte, rappresenta una delle strutture militari più grandiose della Sicilia antica.

Nella zona meridionale dell’acropoli trovavano posto costruzioni civili di piccole dimensioni in cui è stato ritrovato il segno di Tanit, simbolo della divinità fenicia protettrice della città e del commercio. Sul lato est furono edificati i templi O e A, di cui restano in piedi soltanto pochi blocchi. Più a nord si trovano i templi C, B, e D.

Il tempio C, dedicato ad Apollo, è l’edificio più grande dell’acropoli e posto nella posizione più alta, assai panoramico su tutta la costa di Selinunte. Crollato a causa di un forte terremoto, venne in parte risollevato durante gli anni venti del Novecento. Da questo tempio sono stati portati al Museo archeologico di Palermo tre metope, sculture in altorilievo un tempo poste nella parte alte del tempio.

Il tempio B, di dimensioni minori rispetto agli altri edifici sacri, è stato oggetto di studio a causa di tracce di colore riportate sulle sue colonne, facendo intuire la possibilità che alcuni edifici si presentassero di diverso colore rispetto a come si mostrano oggi.

Il tempio D, di notevoli dimensioni, fu edificato nel VI secolo a.C. in onore di Afrodite, anche se alcuni studiosi non escludono che fosse Athena la dea venerata in questo luogo. Posto più a nord rispetto agli altri templi dell’acropoli, presentava 38 colonne complessive, 13 nel lato più lungo e 6 in quello più corto.

La collina Gaggera, che sorge affiancata al fiume Modione, era la parte sacra della città: qui venivano serviti i sacrifici agli Dei e i cortei funebri vi facevano tappa prima di giungere alla necropoli.

E’ il santuario di Demetra Malaphoros (la Dea del melograno) l’edificio che rappresentava la sacralità di tutta l’area: edificato durante la prima metà del VI secolo, è un ampia struttura in cui sono state rinvenute piccoli vasetti contenenti le ceneri dei sacrifici e statuette raffiguranti una figura femminile che porta con sè un melograno. Al suo interno è ancora presente il grande altare dei sacrifici, lungo oltre sedici metri.

La collina di Manuzza, un tempo abitato principale della città, è oggi priva di particolare interesse.

Il teatro di Morgantina, ricavato sul fianco della collina, è tra i resti meglio conservati dell’intero sito di Morgantina. Seppur di dimensioni ridotti conta 15 file di scalini: i suoi spettatori assistevano probabilmente oltre a commedie e tragedie anche alla celebrazione di riti sacri.

La fornace di Morgantina è tra i forni più grandi che si siano mantenuti fino ai nostri giorni. Composta da due forni, serviva sia per cuocere ceramiche di vario uso domestico sia per la fabbricazione di mattoni. In prossimità si trova il granaio, ambiente che custodiva il prezioso cereale: durante il periodo romano parte del raccolto doveva essere in parte corrisposto all’Impero.

Gli altri ritrovamenti sono costituiti dal Consiglio cittadino di epoca greca ( il bouleuterion); il gymnasium (luogo per la cura del fisico) di epoca romana; e i due quartieri residenziali, di oriente ed occidente, in cui è possibile ammirare alcune abitazioni dell’epoca, alcune decorate da splendidi mosaici.

Gli ultimi scavi hanno portato alla luce un santuario nell’agorà inferiore, probabilmente preposto per l’adorazione delle divinità sotterranee. Non lontano un altro santuario che risalirebbe al culto di Demetra e Kore.